我国建成世界首个水稻基因索引数据库

[探索] 时间:2024-05-02 04:22:55 来源:蓝影头条 作者:综合 点击:45次
记者12日从华中农业大学获悉,国建个水该校张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队,成世以代表亚洲稻群体结构的界首据库高质量基因组为对象,构建并全面分析基因组倒位图谱,稻基建成了世界上首个基于同源基因簇的因索引数水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果发表在《自然·通讯》与《分子植物》。国建个水

亚洲栽培稻是成世世界一半人口的主食。预计2060年至2070年,界首据库世界人口数量将增加到约100亿,稻基科研人员迫切需要培育产量高、因索引数营养丰富、国建个水绿色环保和气候适应性更强的成世新品种。

张建伟介绍,界首据库全球有约500万份水稻种质及其野生近缘种,稻基这些资源的因索引数基因组变异中(单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等)蕴藏着品种改良的重要信息,对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。

水稻基因索引数据库可为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”,实现不同功能和常用数据库之间的快速链接,记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息,并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。

该平台能为用户提供丰富的模块和工具,方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化,为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。研究人员可以通过关键词、序列、同源关系等3种方式在数据库中进行搜索,并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化研究。

(责任编辑:焦点)

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