2020年新冠肺炎疫情期间，黑龙恢复牡丹江医学院附属红旗医院被确定为黑龙江省级重症集中救治区域中心，江省境外救治基地黑龙江省境外输入性新冠肺炎救治基地，输入用于收治本土病例及境外输入病例。新冠6月17日，肺炎牡丹江医学院附属红旗医院新冠肺炎患者全部清零。全面患者清零后，日常经过近一个月的诊疗全面消毒、装修改造、黑龙恢复粉刷和病房重新规划，江省境外救治基地目前各项工作全部完成，输入已满足复诊条件。新冠7月17日医院全面恢复日常诊疗服务。肺炎
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